Kök hücreler tüm eklemlere, kaslara, omurilik kanalı içine, cilde, burun yoluyla akciğerlere, gözlere ve damardan sistemik olarak tüm iç organlara uygulanabilir. Bugün için tedavi edilemeyen neredeyse tüm kronik hastalıklarda uygulanabilirler.
Halen bazı çalışmalar devam etmekle birlikte eklem kireçlemelerinde, menisküs, bağ ve kas yırtıklarında, bel-boyun disk dejenerasyonlarında, avasküler nekroz ve osteonekrozda, romatoid artrit, ankilozan spondilit, psöriatik artrit, inflamatuvar bağırsak hastalıkları gibi romatizmal hastalıklarda, SLE, Sjögren, Hashimato ve MS gibi otoimmün patolojilerde, Parkinson, Alzheimer, ALS gibi nörodejeneratif hastalıklarda, beyin damar felçlerinde, omurilik yaralanmaları ve travmatik beyin zedelenmelerinde, periferik sinir nöropatilerinde, muskuler distrofilerde, kalp, böbrek, karaciğer gibi organ yetmezliklerinde, şeker hastalığında, kronik obstüriktif akciğer hastalığında, yeni doğan konjenital diyafragma hernisi ve Graft versus host hastalıklarında hayat kurtarıcı olarak kullanılırlar. Ayrıca anal fissürlerde tedavi edici etkileri bulunmaktadır.
